Le programme Natura 2000 s'appuie sur différents organes pour fonctionner : une structure animatrice qui pilote le programme, laquelle en réfère à un comité de pilotage qui se réunit annuellement pour suivre l'activité du site. Le comité de pilotage est composé de 3 collèges : les collectivités, les usagers (associations sportives, naturalistes, ...) et les services de l'Etat.
Ce comité de pilotage est présidé par un élu, dont l'élection est renouvelée tous les 3 ans.